PyMOLでタンパク質間相互作用の界面を解析する

前準備

コードを InterfaceResidues.py として保存し、PyMOLのワーキングディレクトリに置きます。

詳細な手順

1. File->Run Script... から InterfaceResidues.py ファイルを選択します。
2. モデルをロードし、チェーンごとに色分けします。
3. 水分子が界面に影響しない場合は、モデルから水分子を除去します。
4. コマンドラインで get_chains $objSel を実行して、モデル内のチェーンを取得します。
5. コマンドラインで interfaceResidue $objSel, chain $A, chain $B を実行すると、界面の残基が取得できます。残基は新しく生成されたオブジェクト (interface) に保存されるので、他の界面の残基を取得する場合は、コマンドを実行する前にオブジェクト名を変更しておきます。
6. 極性コンタクトを解析するには、Actions->find->polar contacts->between chains を選択します。

参考

1. InterfaceResidues - PyMOLWiki
2. Get chains - PyMOLWiki
3. Pymol - 分析蛋白-蛋白相互作用界面_哔哩哔哩