極性相互作用を表示する
- モデル内のリガンドを選択し、オブジェクト名を「ligand」に変更する。
- リガンドを選択し、
actions->around->residues within 5 angstromを実行する。選択されたオブジェクトの名前を「active」に変更し、残基をスティック表示にする。 - 極性相互作用を見つけるには、
action->find->polar contacts->to other atoms in objectを実行する。 - 点線が空白部分につながっている場合は、非表示になっている水分子が原因の可能性がある。水素結合は3.2Åより短いので、
select $LigandWater, (($ligand)around 3.2) and(resn HOH)で3.2Å以内の水を表示する。すると、$LigandWaterという名前のオブジェクトが生成される。
書き出し
- 原子をマウスの中ボタンでクリックして中心に設定する。相互作用が見える角度まで回転する。
- 背景を白にするには、
Display->background->whiteを選択する。 - Draw/Ray をクリックし、300 DPI に設定してから ray をクリックする。
- 影を消したい場合は、
setting->Rendering->shadows->Noneを選択する。