PLIPでタンパク質-リガンド相互作用を解析する

PLIPを使えば、生体高分子とリガンドの間の非共有結合性相互作用を簡単に特定できます。しかも、Webサーバーが公開されているので、何もデプロイせずに使えます。

残念ながら、Webサーバーには一度に1つの構造しか送信できません。解析したい構造がたくさんある場合は、ローカルで実行するのがおすすめです。私の環境では、Dockerで実行するのが簡単で、要件も満たせました。

https://github.com/pharmai/plip

このメモはmacOSを前提にしています。LinuxでPLIPを実行する場合も参考にしてください。

詳細な手順

1. Dockerをインストールする

   1. macOS: WebサイトからDockerをダウンロードして、他のソフトと同じようにインストールし、インストール後に起動します。

   2. Linux:

      サーバーが中国にある場合は、Aliyunのイメージアクセラレーションを使うのがおすすめです。インストールコマンドは次のとおりです。

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      curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun
      

      それ以外の地域では、公式スクリプトでそのままインストールできます。

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      curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker
      

      DockerとDocker-Composeのインストールに成功したら、次のコマンドでバージョンを確認できます。

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      docker -v
      docker compose version
      

2. 作業ディレクトリを作る

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   mkdir -p $HOME/PLIP/pdb
   

3. 解析したいPDBファイルを$HOME/PLIP/pdbに置く

4. PLIPを実行する

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   cd $HOME/PLIP/pdb
   
   docker run --rm \
       -v ${PWD}:/results \
       -w /results \
       -u $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) \
       pharmai/plip:latest -f $HOME/pdb/* -xtyp
   

   パラメータ：

   コピー

   -f The same can be done for local PDB files (-f <file>) or for reading from stdin (-f -).
   -i PLIP can automatically fetch the entry from the PDB server when a valid PDB ID is provided.
   
   XML report files (-x, best for automatic processing)
   Text report files (-t, human-readable)
   PyMOL session files (-y)
   PyMOL Ray-traced images (-p)
   writing to stdout (-O), to be used in combination with XML or text report files