PDB から構造を取得して密度を確認する

TL;DR

1. 興味のある構造を見つける。ここでは、現在データベース内で最も分解能が高い（0.48 Å）構造 5D8V を例にする。

2. モデルと密度をダウンロードする

   1. PDB 形式のモデル
   2. Validation 2fo-fc coefficients ファイル（解凍すると cif 形式のファイルが得られる）
   3. Validation fo-fc coefficients ファイル（解凍すると cif 形式のファイルが得られる）
   4. 次の3つのファイルが得られる:
      1. 5d8v.pdb
      2. 5d8vvalidation2fo-fcmapcoef.cif
      3. 5d8vvalidationfo-fcmapcoef.cif

3. 形式を変換する:

   1. CCP4 スイートの cif2mtz を使う

      BASHコピー

      cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      
      cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      

   2. スタンドアロンの Python パッケージ gemmi を使う

      BASHコピー

      pip3 install gemmi
      
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz
      

4. COOT で PDB モデルと 2fo-fc.mtz、fo-fc.mtz を読み込めば OK

参考

1. X-ray Electron Density Maps