ModelAngeloでcryo-EMマップのモデルを構築する

はじめに

巨大なcryo-EMマップのモデルを作るのは、特に超複雑なマップだと面倒なこともあります。

でも今は、ModelAngelo を使えば、ローカルで cryo-EMマップのモデルを構築でき、データ漏洩の心配もありません。

使い方

1. ModelAngelo の動作要件を満たしていることを確認してください。主に 8GB以上のメモリを搭載したGPU が必要です。

2. インストール

   1. Miniconda をインストール: https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. リポジトリをクローンしてスクリプトを実行:

      BASHコピー

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 手順:

   1. 作業を始める前に、ターミナルで conda activate model_angelo を実行して、環境を有効化してください。

   2. FASTA配列を使ってマップを構築:

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      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v: map, in mrc format
      -pf: protein sequence
      -df: dna sequence
      -rf: rna sequence
      -o: output directory
      

      [!IMPORTANT]

      FASTAファイルには、二量体の配列を繰り返し記述する必要はありません。

   3. FASTA配列なしでマップを構築:

      BASHコピー

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

参考

1. 論文: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. コード: https://github.com/3dem/model-angelo