Ubuntu に SPA ソフトウェアをデプロイする

NVIDIA ドライバーと CUDA のインストール

すでにインストールしている場合は、この部分はスキップして構いません。

既存バージョンの削除（https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-linux/index.html）
NVIDIA ドライバーのインストール（https://docs.nvidia.com/datacenter/tesla/tesla-installation-notes/index.html）
CUDA Toolkit のインストール（https://developer.nvidia.com/cuda-12-1-0-download-archive）

CryoSPARC のスタンドアロン版

アカデミックライセンスを申請します（https://cryosparc.com/download）。ライセンス ID がメールで届きます。
ライセンス ID を環境変数として設定します。

BASH

export LICENSE_ID="<license_id>"

curl でダウンロードします。

BASH

mkdir cryosparc && cd cryosparc
curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

展開します。

BASH

tar -xf cryosparc_master.tar.gz cryosparc_master
tar -xf cryosparc_worker.tar.gz cryosparc_worker

キャッシュとデータベース用のディレクトリを作成します。

BASH

mkdir cryosparc_database cryosparc_worker/cryosparc_cache

インストールします。

BASH

cd cryosparc_master

./install.sh    --standalone \
                --license $LICENSE_ID \
                --worker_path $HOME/cryosparc/cryosparc_worker \
                --ssdpath $HOME/cryosparc/cryosparc_worker/cryosparc_cache \
                --initial_email yourEmail \
                --initial_username "username" \
                --initial_firstname "firstname" \
                --initial_lastname "lastname" \
                --port 40000 \
                --initial_password yourPassword

環境変数を追加します。

BASH

echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_master/bin" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_worker/bin" >> ~/.bashrc

RELION

依存パッケージをインストールします。

BASH

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

RELION をダウンロードします。

BASH

git clone https://github.com/3dem/relion.git
git checkout ver4.0
git pull

ビルドします。

BASH

mkdir relion/build && cd build
cmake .. && make -j

環境変数を追加します。

BASH

echo "export PATH=$HOME/relion/build/bin:$PATH" >> ~/.bashrc

MotionCor2 をインストールします。

BASH

mkdir $HOME/MotionCor2 && cd $HOME/MotionCor2
wget https://drive.google.com/uc\?export\=download\&id\=1hskY_AbXVgrl_BUIjWokDNLZK0c1FLxF -O MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
unzip MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
chmod +x MotionCor2_1.6.4_Cuda121_Mar312023

EMAN2

Miniconda をインストールします。

BASH

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash

# Or you are using zshell
~/miniconda3/bin/conda init zsh

インストールします。

BASH

conda update --all
conda install mamba -c conda-forge
conda create -n eman2 eman-dev==2.99.47 -c cryoem -c conda-forge

# M1/M2 Macs (Optional), with the eman2 environment activated
conda activate eman2
pip install tensorflow-metal

起動時に conda の base 環境を有効化したくない場合は、次を実行します。
BASH
```
conda config --set auto_activate_base false
```

IMOD

https://bio3d.colorado.edu/imod/

ダウンロードして実行権限を付与します。

BASH

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh --no-check-certificate
sudo chmod +x imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

/usr/local にインストールします。IMOD-linux.sh は /ect/profile.d に追加されます。
BASH
```
sudo ./imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
```