X線データ処理

データの準備

XDSはh5形式の画像を扱えないため、処理の前に画像をcbf形式へ変換する必要がある。macOSでは、eiger2cbfがこの変換に便利なプログラムだ。

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- get number of frames
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- write N-th frame to out.cbf
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- write N-th frame to STDOUT
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- write N to M-th frames to outNNNNNN.cbf

例：

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # convert all the 720 images to cbf format

X線データ処理

XDSで処理する

1. この手順に従ってXDSGUIをインストールする。

2. ターミナルでXDSGUIを起動する。

   BASHコピー

   cd path/to/your/images
   xdsgui
   

3. 画像を読み込み、XDS.INPファイルを生成する。

   

4. 必要に応じてXDS.INPファイルを編集し、Run XDSをクリックする。

   :::caution

   SSRFの10U2ビームラインでデータを収集した場合は、ROTATION_AXISパラメータを0 -1 0に変更する必要がある。

   :::

5. CORRECTページで結果を確認する。

Xia2で処理する

1. Xia2を使う方法は2つある。1つはCCP4内のXia2を使う方法、もう1つはこちらのサイトに従って最新のxia2/DIALSバンドルをインストールする方法だ。

2. 以下のコマンドでデータを処理する。

   BASHコピー

   cd path/to/images
   xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2
   

autoPROCで処理する

1. ライセンスを申請し、こちらのサイトに従ってautoPROCをインストールする。

2. 以下のコマンドでデータを処理する。

   BASHコピー

   cd path/to/images
   process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log 
   #save the result in subdirectory named autoproc, resolution vary from 2 to 50, save the log to out.log file.
   

構造決定

データの検証

1. 回折データファイルとして、autoprocディレクトリ内のXDS_ASCII.HKLファイルを探す。

2. Phenix Xtriageでデータを検証する。回折データファイルを読み込んで実行する。

   

分子置換

1. 回折データファイルとして、autoprocディレクトリ内のXDS_ASCII.HKLファイルを探す。

2. テンプレートモデルを入手する。

   1. タンパク質の配列をPDBデータベースに対してBLAST検索し、適切な構造を選んでPDBファイルをダウンロードする。

   

   2. テンプレートモデルをダウンロードしたら、PyMOLで編集して余分なコピーと水分子を削除する。

3. ASU(非対称単位)内のコピー数を決定する。

   1. Xtriageの結果から数を確認できる。

   2. または、CCP4のセルコンテンツ解析ツールを使う。

   Note

   溶媒含有率からコピー数を判断できる。一般に、ほとんどの生体高分子結晶の溶媒含有率は40%から60%の間である。

4. Phenix Phaser-MRで分子置換を行う。

5. Phenix AutoBuildでモデルを構築する。分子置換の結果を入力して実行する。

   

6. CootでAutoBuildのモデルを確認し、手動で精密化する。