PyMOL에서의 단백질-단백질 상호작용 계면 분석

전처리

'InterfaceResidues.py'라는 이름으로 코드를 저장한 다음, PyMOL 작업 디렉터리(Working Directory)에 넣으세요.

상세 절차

1. File->Run Script...를 선택하고 'InterfaceResidues.py' 파일을 선택합니다.
2. 모델을 불러온 다음 사슬(chain)별로 색상을 지정합니다.
3. 물 분자가 계면에 영향을 주지 않는다면 모델에서 물 분자를 제거합니다.
4. 명령줄에서 get_chains $objSel을 실행해 모델에 포함된 사슬을 확인합니다.
5. 명령줄에서 interfaceResidue $objSel, chain $A, chain $B를 실행하면 계면의 잔기(residue)를 얻을 수 있습니다. 잔기는 새로 생성된 '(interface)' 객체에 저장되므로, 다른 계면의 잔기를 얻으려면 명령을 실행하기 전에 객체 이름을 바꾸세요.
6. 극성 접촉(polar contacts) 분석: Actions->find->polar contacts->between chains

참고 자료

1. InterfaceResidues - PyMOLWiki
2. Get chains - PyMOLWiki
3. Pymol - 단백질-단백질 상호작용 계면 분석_Bilibili