PyMOL에서 pseudoatom으로 π-π 및 π-양이온 상호작용을 보여주기

소개

π-π 상호작용은 wizard->measurement->Distances to Rings로 보여줄 수 있습니다. 방법이 간단하고 pseudoatom을 숨길 필요도 없습니다.

하지만 π-양이온 상호작용을 보여줄 때는 Distances to Rings로는 목적을 달성할 수 없습니다. 이 도구는 두 고리 사이의 거리만 측정하는 데 사용되기 때문입니다. 이 경우 pseudoatom을 사용하면 됩니다.

상세 절차

전처리

1. 모델을 회색으로 지정한 다음, 원소별로 색을 입혀 명확하게 보이게 합니다.
2. 리간드를 선택하고 객체 이름을 'ligand'로 바꾼 다음, 마젠타(또는 원하는 색)로 색칠합니다.
3. 상호작용 잔기를 선택합니다. 리간드를 선택하고 actions->around->residues with...를 실행한 뒤, 객체 이름을 'active'로 바꾸고 show->side chain->sticks로 잔기를 스틱으로 표시합니다.
4. hide->valence로 원자가(valence) 표시를 숨기고, remove hydrogen 명령으로 수소를 제거합니다.
5. 극성 접촉(Polar Contacts) 찾기: 리간드를 선택하고 action->find->polar contacts->to others excluding solvent를 실행합니다.

π-양이온 상호작용 보여주기

1. pseudoatom 생성

   1. 선택 모드를 'Atoms'로 전환하고, 중심을 만들 고리의 원자들을 하나씩 클릭합니다. 선택된 객체는 sele입니다.
   2. 명령줄에서 pseudoatom $NameOftheCenter, sele를 실행합니다.
2. 거리 측정: wizard->measurement
3. pseudoatom 숨기기: hide->everything

논의

1. π-양이온 상호작용 거리는 6.6 Å 미만이어야 하며, π-π 상호작용은 일반적으로 초록색으로 표시됩니다.
2. π-π 상호작용 거리는 7 Å 미만이어야 하며【2】, π-π 상호작용은 일반적으로 파란색으로 표시됩니다.

참고 자료:

1. https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
2. Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.