PLIP을 이용한 단백질-리간드 상호작용 분석

PLIP을 사용하면 생체 고분자와 리간드 사이의 비공유 상호작용을 쉽게 찾아낼 수 있습니다. 또한 별도의 배포 없이 바로 사용할 수 있는 웹 서버도 호스팅되어 있습니다.

아쉽게도 웹 서버에는 한 번에 하나의 구조만 업로드할 수 있습니다. 그래서 분석할 구조가 많다면 로컬에서 실행하는 것이 좋습니다. 제 경우에는 Docker로 실행하는 것이 간단하고 요구 사항을 충족합니다.

https://github.com/pharmai/plip

이 글은 macOS를 기준으로 작성했지만, Linux에서 PLIP을 실행할 때도 참고할 수 있습니다.

상세 절차

Docker 설치:
1. macOS: 웹사이트에서 Docker를 다운로드하여 다른 소프트웨어와 마찬가지로 설치하고, 설치 후 실행합니다.
2. Linux:
  서버가 중국에 있다면 Aliyun의 이미지 가속을 사용하는 것이 좋습니다. 설치 명령은 다음과 같습니다.
  BASH
  curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun
  그 외 국가에서는 공식 스크립트를 사용하여 바로 설치할 수 있습니다.
  BASH
  curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker
  Docker와 Docker-Compose 설치에 성공했다면 다음 명령으로 버전을 확인할 수 있습니다.
  BASH
  docker -v docker compose version
작업 디렉터리 만들기
BASH
```
mkdir -p $HOME/PLIP/pdb
```
분석이 필요한 PDB 파일을 $HOME/PLIP/pdb에 넣습니다.

PLIP 실행

BASH

cd $HOME/PLIP/pdb

docker run --rm \
    -v ${PWD}:/results \
    -w /results \
    -u $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) \
    pharmai/plip:latest -f $HOME/pdb/* -xtyp

매개변수:

-f The same can be done for local PDB files (-f <file>) or for reading from stdin (-f -).
-i PLIP can automatically fetch the entry from the PDB server when a valid PDB ID is provided.

XML report files (-x, best for automatic processing)
Text report files (-t, human-readable)
PyMOL session files (-y)
PyMOL Ray-traced images (-p)
writing to stdout (-O), to be used in combination with XML or text report files