PDB에서 구조를 가져와 밀도 확인하기

TL;DR

1. 관심 있는 구조를 찾습니다. 여기서는 현재 데이터베이스에서 분해능이 가장 높은(0.48 Å) 구조인 5D8V를 예로 듭니다.

2. 모델과 밀도를 다운로드합니다.

   1. PDB 형식의 모델
   2. Validation 2fo-fc coefficients 파일을 내려받아 압축을 풀면 cif 형식 파일이 생성됩니다.
   3. Validation fo-fc coefficients 파일을 내려받아 압축을 풀면 cif 형식 파일이 생성됩니다.
   4. 그러면 다음 3개의 파일이 준비됩니다.
      1. 5d8v.pdb
      2. 5d8vvalidation2fo-fcmapcoef.cif
      3. 5d8vvalidationfo-fcmapcoef.cif

3. 형식을 변환합니다.

   1. CCP4 패키지의 cif2mtz 사용

      BASH복사

      cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      
      cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      

   2. 독립형 python 패키지 gemmi 사용

      BASH복사

      pip3 install gemmi
      
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz
      

4. COOT에서 PDB 모델과 2fo-fc.mtz, fo-fc.mtz를 불러오면 됩니다.

참고자료

1. X선 전자 밀도 지도