ModelAngelo로 cryo-EM 맵 모델 구축하기

소개

거대한 cryo-EM 맵의 모델을 만드는 일은 특히 매우 복잡한 경우라면 더욱 성가실 수 있습니다.

하지만 이제 ModelAngelo를 사용하면 데이터 유출 걱정 없이 cryo-EM 맵 모델을 로컬에서 직접 구축할 수 있습니다.

사용법

1. ModelAngelo의 컴퓨팅 요구 사항을 충족하는지 확인하세요. 주로 최소 8GB 메모리를 갖춘 GPU가 필요합니다.

2. 설치

   1. Miniconda 설치: https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. 저장소를 클론하고 스크립트를 실행합니다:

      BASH복사

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 처리 과정:

   1. 시작하기 전에 터미널에서 conda activate model_angelo를 실행해 환경을 활성화해야 합니다.

   2. FASTA 서열로 맵 모델 구축:

      BASH복사

      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v: map, in mrc format
      -pf: protein sequence
      -df: dna sequence
      -rf: rna sequence
      -o: output directory
      

      [!IMPORTANT]

      FASTA 파일에 이량체(dimer)의 서열을 반복해서 넣을 필요는 없습니다.

   3. FASTA 서열 없이 맵 모델 구축:

      BASH복사

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

참고 자료

1. 논문: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. 코드: https://github.com/3dem/model-angelo