Ubuntu에서 SPA 소프트웨어 배포하기

NVIDIA 드라이버 및 CUDA 설치

이미 설치했다면 이 부분은 건너뛰어도 됩니다.

기존 버전 제거: https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-linux/index.html
NVIDIA 드라이버 설치: https://docs.nvidia.com/datacenter/tesla/tesla-installation-notes/index.html
CUDA Toolkit 설치: https://developer.nvidia.com/cuda-12-1-0-download-archive

CryoSPARC 단독 설치

학술 라이선스 요청: https://cryosparc.com/download, 그러면 이메일로 라이선스 ID를 받게 됩니다.
라이선스 ID를 환경 변수로 내보내기:

BASH

export LICENSE_ID="<license_id>"

curl로 다운로드

BASH

mkdir cryosparc && cd cryosparc
curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

압축 해제

BASH

tar -xf cryosparc_master.tar.gz cryosparc_master
tar -xf cryosparc_worker.tar.gz cryosparc_worker

캐시 및 데이터베이스용 디렉터리 만들기

BASH

mkdir cryosparc_database cryosparc_worker/cryosparc_cache

설치

BASH

cd cryosparc_master

./install.sh    --standalone \
                --license $LICENSE_ID \
                --worker_path $HOME/cryosparc/cryosparc_worker \
                --ssdpath $HOME/cryosparc/cryosparc_worker/cryosparc_cache \
                --initial_email yourEmail \
                --initial_username "username" \
                --initial_firstname "firstname" \
                --initial_lastname "lastname" \
                --port 40000 \
                --initial_password yourPassword

환경 변수 추가

BASH

echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_master/bin" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_worker/bin" >> ~/.bashrc

RELION

의존성 설치

BASH

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

RELION 다운로드

BASH

git clone https://github.com/3dem/relion.git
git checkout ver4.0
git pull

컴파일

BASH

mkdir relion/build && cd build
cmake .. && make -j

환경 변수 추가

BASH

echo "export PATH=$HOME/relion/build/bin:$PATH" >> ~/.bashrc

MotionCor2 설치

BASH

mkdir $HOME/MotionCor2 && cd $HOME/MotionCor2
wget https://drive.google.com/uc\?export\=download\&id\=1hskY_AbXVgrl_BUIjWokDNLZK0c1FLxF -O MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
unzip MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
chmod +x MotionCor2_1.6.4_Cuda121_Mar312023

EMAN2

Miniconda 설치:

BASH

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash

# Or you are using zshell
~/miniconda3/bin/conda init zsh

설치

BASH

conda update --all
conda install mamba -c conda-forge
conda create -n eman2 eman-dev==2.99.47 -c cryoem -c conda-forge

# M1/M2 Macs (Optional), with the eman2 environment activated
conda activate eman2
pip install tensorflow-metal

conda의 기본(base) 환경이 시작 시 활성화되지 않게 하려면 다음을 실행하세요:
BASH
```
conda config --set auto_activate_base false
```

IMOD

https://bio3d.colorado.edu/imod/

다운로드 후 실행 권한 설정:

BASH

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh --no-check-certificate
sudo chmod +x imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

/usr/local에 설치합니다. 그러면 IMOD-linux.sh가 /ect/profile.d에 추가됩니다.
BASH
```
sudo ./imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
```