Linux에서 X선 데이터 처리 소프트웨어 설치하기

이 글은 Linux Mint 21.3을 기준으로 작성되었습니다. Ubuntu를 사용하는 경우에도 유용할 것입니다.

XDS 관련 소프트웨어

참고: https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Installation

XDS 패키지:

BASH

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate
# For some reason, wget cannot verify the server's SSL Certificates, add the --no-check-certificate parameter to igonre it

tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/
ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

기타 프로그램: XDS-Viewer, XDSSTAT, XDSCC12, XDSGUI, XSCALE_ISOCLUSTER, spot2pdb, generate_XDS.INP

BASH

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_
wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh
chmod +x get_folder.sh
sudo ./get_folder.sh
rm -rf $HOME/xds-dep

#As root, programs will be installed into /usr/local/bin/linux_bin, and links them to /usr/local/bin.
#As a normal user, programs will be installed to HOME/bin/linux_bin, and linked to your $HOME/bin.

sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

선택 사항: 설치 확인(그래픽 패키지 오류가 발생할 수 있습니다):

BASH

ldd `which xdsgui` | grep found
# The command should show you the libraries it didn't find.
# Then you can install the libraries with commands:

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install -y <PackageName>

hdf5 파일을 읽는 XDS 플러그인:

BASH

sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev cmake git libgtk-3-dev qt5-default
git clone https://github.com/dectris/neggia && cd neggia
mkdir build && cd $_
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
cmake --build .
sudo cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /usr/local/bin/linux_bin
echo export NEGGIA_PATH=/usr/local/bin/linux_bin/dectris-neggia.so >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

CCP4

참고: https://www.ccp4.ac.uk/download/installation.html

이 웹사이트에서 Package Manager를 다운로드한 다음:

BASH

cd /path/to/download/folder
tar -xvzf linux-x86_64_ccp4-8.0-setup.tar.gz
./ccp4-8.0-setup

Setup Manager의 페이지에 표시된 안내를 따르고, 두 번째 페이지에서 "modify command line environment"를 체크하는 것을 잊지 마세요.

Phenix

참고: https://phenix-online.org/documentation/install-setup-run.html

이 웹사이트에서 라이선스를 요청합니다.
이 웹사이트에서 소프트웨어를 다운로드합니다.

설치

BASH

tar xvf phenix-installer-<version>-<platform>.tar
cd phenix-installer-<version>

# will make <directory>/phenix-<version> and install there
./install --prefix=<directory>  
echo . /usr/local/phenix-<version>/phenix_env.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

그런 다음 phenix & 명령으로 phenix를 실행할 수 있습니다.

autoPROC

참고: https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/Ubuntu1804_64bit/index.html

이 웹사이트에서 라이선스를 요청하면, 다운로드에 사용할 사용자 이름과 비밀번호, 그리고 .licence 파일이 이메일로 발송됩니다.
위에서 설명한 대로 CCP4와 XDS를 설치하고 환경을 설정해야 합니다.
사전 요구 사항:
BASH
```
sudo apt-get install imagemagick
```

다운로드

BASH

mkdir -p $HOME/GPhL/autoPROC_snapshot_20240123 && cd$_
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123.linux64.tar
# Put .license file into this directory
# There should be three files in this directory: .tar, .sh, .licence

설치

BASH

chmod +x GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
./GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh

cd $HOME/GPhL
rm -f autoPROC_latest
ln -s autoPROC_snapshot_20240123 autoPROC_latest
echo source $HOME/GPhL/autoPROC_latest/setup.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

autoPX2

자세한 정보를 얻으려면 QQ 그룹에 가입해야 하지만, 편의를 위해 다운로드용 복사본을 제공합니다:

BASH

cd $HOME
wget https://pan.xxu.do/d/guest/local/autoPX2-beta3-Linux.tar.gz
tar -xzvf autoPX2-beta3-Linux.tar.gz && cd $HOME/autoPX2-beta3-Linux
echo export PATH=$HOME/autoPX2-beta3-Linux:$PATH >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc
# You can choose the name of command to start the program, here is autopx
ln -s autoPXgui.sh autopx

그런 다음 autopx 명령으로 autoPX2를 사용할 수 있습니다.