ChimeraX로 결정 구조의 소분자 밀도 그리기

필요한 항목:

이 글에서는 7VH8을 예로 들어 설명합니다. 이 글을 참고해 PDB 및 MTZ 파일을 준비했습니다.

ChimeraX를 열고 Clipper를 설치합니다. 설치 방법은 두 가지입니다.
1. 그래픽 인터페이스에서 Tools -> More Tools...로 이동해 Clipper를 찾아 설치합니다.
2. toolshed install clipper 명령을 실행해 설치합니다.
PDB 파일을 연 다음 MTZ 파일을 끌어다 놓습니다. 팝업 창이 나타나면 해당 PDB 파일을 선택합니다.
해당 PDB 파일 선택
파일을 열면 다음과 같이 표시됩니다.
PDB 및 MTZ 파일 가져오기

밀도를 표시합니다.

소분자 주변의 밀도만 표시합니다.

CHIMERAX

clipper isolate sel surroundDistance 0 contextDistance 5 maskRadius 2.5 hideSurrounds true focus true

매개변수	설명
sel	현재 선택된 원자, 즉 소분자를 가리킵니다.
surroundDistance	선택 범위를 확장할 거리를 지정합니다. 기본값은 0Å입니다. 선택한 원자 외에 지도 적용 영역을 계산할 때 포함할 원자를 결정합니다.
contextDistance	추가로 표시할 주변 영역의 거리를 설정합니다. 기본값은 5Å입니다. 이 범위의 원자는 표시되지만 지도는 적용되지 않습니다.
maskRadius	지도 마스크의 반경을 지정합니다. 기본값은 3Å입니다. 선택 영역을 중심으로 지도가 얼마나 멀리까지 확장될지 결정합니다.
hideSurrounds	true로 설정하면 surroundDistance 범위 밖의 원자가 숨겨집니다. (카툰 표시는 영향을 받지 않습니다.)
focus	true로 설정하면 뷰가 재설정되고 지도 적용 영역이 중앙에 표시됩니다.

Contour Level을 조정하고 색을 지정합니다.

참고로 Coot과 ChimeraX는 Contour Level을 서로 다르게 표현합니다.

소프트웨어	Contour Level
Coot	기본적으로 등치선 수준을 표준편차(sigma) 단위로 나타냅니다. (소프트웨어에는 rmsd로 표시됩니다.) Coot에서 Contour Level을 1.0으로 설정하면 평균 밀도에 표준편차 1.0을 더한 값 이상인 밀도 영역이 표시됩니다.
ChimeraX	일반적으로 등치선 수준을 절대 전자 밀도(electron/Å³)로 나타냅니다. `volume #1 level 1.0` 명령을 실행하면 밀도가 1.0 electron/Å³ 이상인 영역이 표시됩니다.

따라서 다음과 같이 설정할 수 있습니다.

ChimeraX에서 등치선 수준을 표준편차(standard deviation) 단위로 설정하려면 sdLevel을 사용합니다. Coot에서 사용하는 개념과 같습니다.
ChimeraX에서 등치선 수준을 평균 제곱근 편차(root-mean-square deviation) 단위로 나타내려면 rmsLevel을 사용합니다.

CHIMERAX

volume #1.1.1.2 sdLevel 1.0 color blue

mFo-Fc 차이 지도에서는 양수와 음수 값을 다음과 같이 설정할 수 있습니다.

CHIMERAX

volume #1.1.1.4 sdLevel 3.0 color green sdLevel -3.0 color red

[!TIP]
ChimeraX 화면 가운데에 3축 중심 표시가 보이면 cofr show false 명령으로 끌 수 있습니다.

극저온 전자현미경 밀도를 표시하고 색을 입히는 방법을 알려주는 튜토리얼은 많지만, 결정 구조를 다루는 자료는 그리 많지 않은 것 같습니다. 이 글이 도움이 되길 바랍니다.

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