X선 데이터 처리

데이터 준비

h5 형식을 cbf 형식으로 변환: XDS는 h5 형식 이미지를 처리할 수 없으므로 작업 전에 이미지를 cbf 형식으로 변환해야 합니다. macOS에서는 eiger2cbf가 이 작업에 유용한 프로그램입니다.

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- get number of frames
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- write N-th frame to out.cbf
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- write N-th frame to STDOUT
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- write N to M-th frames to outNNNNNN.cbf

예를 들어:

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # convert all the 720 images to cbf format

X선 데이터 처리

XDS로 처리하기

1. 이 안내에 따라 XDSGUI를 설치합니다.

2. 터미널에서 XDSGUI를 실행합니다.

   BASH복사

   cd path/to/your/images
   xdsgui
   

3. 이미지를 불러오고 XDS.INP 파일을 생성합니다:

   

4. 필요에 맞게 XDS.INP 파일을 수정한 다음 Run XDS를 클릭합니다.

   :::caution

   SSRF의 10U2 빔라인에서 데이터를 수집한 경우 ROTATION_AXIS 파라미터를 0 -1 0으로 수정해야 합니다.

   :::

5. CORRECT 페이지에서 결과를 확인합니다.

Xia2로 처리하기

1. Xia2를 사용하는 방법은 두 가지입니다. CCP4에서 Xia2를 사용하거나, 이 웹사이트의 안내에 따라 최신 xia2/DIALS 번들을 설치하면 됩니다.

2. 다음과 같이 데이터를 처리합니다:

   BASH복사

   cd path/to/images
   xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2
   

autoPROC로 처리하기

1. 라이선스를 요청하고 이 웹사이트의 안내에 따라 autoPROC를 설치합니다.

2. 다음과 같이 데이터를 처리합니다:

   BASH복사

   cd path/to/images
   process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log
   #save the result in subdirectory named autoproc, resolution vary from 2 to 50, save the log to out.log file.
   

구조 결정

데이터 검증

1. 회절 파일로 사용할 XDS_ASCII.HKL 파일을 autoproc 디렉터리에서 찾습니다.

2. Phenix Xtriage에 회절 파일을 넣고 실행하여 데이터를 검증합니다.

   

분자 치환

1. 회절 파일로 사용할 XDS_ASCII.HKL 파일을 autoproc 디렉터리에서 찾습니다.

2. 템플릿 모델을 구합니다:

   1. 단백질 서열을 PDB 데이터베이스에 대해 BLAST 검색하고, 적절한 구조를 선택한 뒤 PDB 파일을 다운로드합니다.

   

   2. 템플릿 모델을 다운로드한 후에는 PyMOL로 편집하여 불필요한 복사본과 물 분자를 제거해야 합니다.

3. 비대칭 단위(ASU) 내 분자 수를 확인합니다:

   1. Xtriage 결과에서 분자 수를 확인할 수 있습니다.

   2. 또는 CCP4의 cell content analysis 도구를 사용할 수 있습니다.

   Note

   분자 수는 용매 함량을 통해 결정할 수 있습니다. 일반적으로 대부분의 생체 고분자 결정의 용매 함량은 40%~60%입니다.

4. Phenix Phaser-MR로 분자 치환을 수행합니다.

5. Phenix AutoBuild로 모델을 구축합니다. 분자 치환 결과를 입력한 후 실행합니다.

   

6. AutoBuild로 생성된 모델을 Coot에서 확인하고 수동으로 정밀화합니다.