别着急，坐和放宽
Intro 你需要： 已安装 ChimeraX 晶体结构坐标 PDB 文件 和 PDB 文件对应的电子密度 mtz 文件 本文以 7VH8 为例，参照这篇文章得到 PDB 和 MTZ 文件。 TL;DR 打开 ChimeraX 安装 Clipper，有两种安装方式: 图形界面中，在 Tools -...
Intro 昨天刚对博客的架构进行了一波更新，今早醒来发现服务器到期了，导致网站直接 Down，甚至没有到期提醒的邮件。 本计划到期后不再续费，而到期后已经无法连接上服务器了，里面的数据也取不出来。所幸之前有良好的备份习惯，定时将数据备份到 OneDrive，具体可参见这篇文章。 但尴尬的是，此前仅备份了数据，没有备份部署的环境变量，这导致了一些问题，我认为值得记录一下。 后端部署 和[此前部署的文章](https://xxu.do/posts/geek...
Intro RSS（Really Simple Syndication 或 RDF Site Summary），是一种消息来源格式规范，用以聚合多个网站更新的内容并自动通知网站订阅者。 能看到这篇文章，想必你大概知道 RSS 是什么了，不过多赘述了。 本解决方案使用以下服务： RSSHub：用于将大多数服务转 RSS WeWe RSS：用于将微信公众号转 RSS [FreshRSS](https://github.co...
[!NOTE] 20250412 更新：目前 infuse 官方已经支持百度网盘挂载，无需此曲线救国的方式。 TL；DR 使用 Alist 挂载百度网盘。 在 infuse 内通过 WebDAV 连接 Alist。 使用 Surge 为 ^*baidupcs.com 添加 User-Agent: pan.baidu.com。 [Header Rewrite] http-request ^*baidupcs.com header-add User-Agent pan.baidu.com Int...
TL;DR 找到感兴趣的结构，这里以目前数据库中分辨率最高（0.48 Å）的结构 5D8V 为例。 下载模型和密度 PDB format 的模型 Validation 2fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件 Validation fo-fc coefficients 文件，解压得到 cif 格式文件 得到 3 个文件： 5d8v.pdb 5d8v_validation_2fo...
Intro A research paper published on biorxiv determined a new coronavirus subgenus, I would like to figure out is there any changes on protease. However, the sequence data has not been publish. Fortunately, the similar sequence is ...
!NOTE] This methods is written maybe one year ago, it's published for memorandum only. Intro [Xia2 is an expert system for automated reduction of X-ray diffraction data from macromolecular crystals. It's open-source and you can get its source code [**he...
Intro 此前我的图床是基于 Cloudflare + Telegraph 这两位大善人的，我本以为他们会比我的博客活得更久，因此我默认这是一个长期的解决方案，足够可靠易用，最重要的是免费。 但最近 Telegram CEO 被捕，韩国也因为审查方面的原因和 Telegram 有冲突，可能受此影响，Telegraph 的图床服务已经不能上床新的图片，旧的图片尚且可以访问，但也不知道什么时候就会完蛋。 于是我开始寻找新的图床解决方案，我的期望是可靠易用，最好免费，Cloudflare R2+PicGo+WebP Cloud 就是这样的解决方案。 本文主要参考了*...
Intro 我的小服务器上安装了双系统，先安装的 Windows 再 安装的 Linux Mint，由 GRUB 进行引导，默认引导到 Linux Mint。 如果您也是这样安装的话，可以通过一下方法远程切换系统。 从任意系统重启至 Linux Mint 因为 GRUB 默认引导至 Linux Mint，因此直接重启即可。 从 Linux Mint 引导至 Windows 我的 GRUB 的引导中，我的 Windows 序号为 2（从上往下从 0 开始计数）。 因此想重启到 Windows 有一个临时的设置，在下次重启时重启到某一序号，再下次重启时则失效。...
Intro This method introduces how to install aria2 and configure it, and how to set a startup. Then work with Alist. Install aria2 Install brew: `zsh /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" echo 'eval "$(/opt/homebr...