在 PyMOL 中分析蛋白质-蛋白质相互作用界面

预处理

将代码保存为 'InterfaceResidues.py'，然后放到 PyMOL 的工作目录中。

详细步骤

1. 依次点击 File->Run Script...，选择 'InterfaceResidues.py' 文件。
2. 加载模型，并按链着色。
3. 如果水分子不影响界面，则移除模型中的水分子。
4. 在命令行中运行 get_chains $objSel，获取模型中的链。
5. 在命令行中运行 interfaceResidue $objSel, chain $A, chain $B，获得界面上的残基；这些残基会保存在新生成的对象 (interface) 中。运行命令前先重命名该对象，以获取其他界面上的残基。
6. 分析极性接触：依次点击 Actions->find->polar contacts->between chains。

参考

1. InterfaceResidues - PyMOLWiki
2. Get chains - PyMOLWiki
3. Pymol - 分析蛋白-蛋白相互作用界面_哔哩哔哩