用 ConSurf 按序列保守性为蛋白质模型着色

ConSurf｜蛋白质进化保守性图谱 会分析蛋白质的序列保守性，并按分析结果给模型着色。如果你研究的蛋白质结构上保守、序列上却有差异，这个工具会很有用。

保守性分析

你只需要准备一个蛋白质模型；如果没有模型，至少要提供序列，结构可以根据序列预测出来。

如果你有多序列比对（MSA）文件，可以上传，网站会用这些序列生成保守性分析结果。

模型随后就会按照分析结果着色。

自定义颜色

ConSurf 不能直接在模型上选择颜色，但你可以用 Pymol 自己调整。

1. 下载用于 Pymol 的结果文件。

2. 在 RAMPGEN.COM 上生成一个颜色渐变，然后复制 JSON 格式的结果，替换脚本中的颜色：

   Note

   步数要设为 9，因为 ConSurf 把保守性分成 9 级。

3. 将你的颜色渐变粘贴到脚本中，并保存为 set_colors.py：

   Python

   # This script was completed with the help of ChatGPT
   color_data = [
          # Paste your color ramp here.
       ]
   
   # Define colors and set colors to corresponding objects
   for i, item in enumerate(color_data, start=1):
       hex_color = item['color']
       # Convert HEX to RGB
       r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
       rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
       
       # Set the color
       color_name = f"color_{i}"
       pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
       
       # Apply color to objects
       object_name = f"all_group_{i}"
       pymol.cmd.color(color_name, object_name)
   
   # Ensure that views are updated
   pymol.cmd.rebuild()
   

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4. 你的脚本应该像这样：

   Python

   color_data = [
           {
                "values": 0,
                "color": "#F6936F"
           },
           {
                "value": 12.50,
                "color": "#F8AE93"
           },
           {
                "value": 25.00,
                "color": "#FAC9B7"
           },
           {
                "value": 37.50,
                "color": "#FCE4DB"
           },
           {
                "value": 50.00,
                "color": "#FFFFFF"
           },
           {
                "value": 62.50,
                "color": "#DDEBF1"
           },
           {
                "value": 75.00,
                "color": "#BCD7E4"
           },
           {
                "value": 87.50,
                "color": "#9BC3D6"
           },
           {
                "value": 100,
                "color": "#7AAFC9"
           }
       ]
   
   # Define colors and set colors to corresponding objects
   for i, item in enumerate(color_data, start=1):
       hex_color = item['color']
       # Convert HEX to RGB
       r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
       rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
       
       # Set the color
       color_name = f"color_{i}"
       pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
       
       # Apply color to objects
       object_name = f"all_group_{i}"
       pymol.cmd.color(color_name, object_name)
   
   # Ensure that views are updated
   pymol.cmd.rebuild()
   

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5. 在 Pymol 中加载 ConSurf 结果，然后通过“File -> Run Script...”运行脚本。