显示极性相互作用
- 在模型中选择配体，并将对象重命名为 “ligand”。
- 选中配体，
actions->around->residues within 5 angstrom，将选中的对象重命名为 “active”，并将残基显示为棍状。 - 查找极性相互作用：
action->find->polar contacts->to other atoms in object。 - 部分虚线可能会连到空白处，这通常是由隐藏的水分子造成的。用
select $LigandWater, (($ligand)around 3.2) and(resn HOH)显示 3.2 埃范围内的水分子（氢键长度小于 3.2 埃），之后会生成名为 “$LigandWater” 的对象。
导出
- 用鼠标中键点击原子，将其设为视图中心，再旋转到合适的角度以展示相互作用。
- 将背景显示为白色：
Display->background->white。 - 点击 Draw/Ray，设置为 300 DPI，然后点击 ray。
- 如需要可去除阴影：
setting->Rendering->shadows->None。