在 PyMOL 中用伪原子演示 π-π 与 π-阳离子相互作用

简介

可以用 wizard->measurement->Distances to Rings 演示 π-π 相互作用，操作简单，而且无需隐藏伪原子。

不过，在演示 π-阳离子相互作用时，Distances to Rings 就无能为力了，因为这个工具只能测量两个环之间的距离。但你可以借助伪原子来实现。

详细步骤

预处理

1. 将模型着色为灰色，再按元素着色，以便看得更清楚。
2. 选择配体并将对象重命名为 “ligand”，然后将其着色为品红色（或你喜欢的颜色）。
3. 选择相互作用的残基：选中配体后，actions->around->residues with...，将对象重命名为 “active”，然后用 show->side chain->sticks 以棍状显示残基。
4. 用 hide->valence 隐藏价键，并用 remove hydrogen 移除氢原子。
5. 查找极性接触：选择配体，action->find->polar contacts->to others excluding solvent

演示 π-阳离子相互作用

1. 创建伪原子

   1. 将选择模式切换为 “Atoms”，逐个点击需要生成中心的环上的原子，选中的对象即为 sele
   2. 在命令行中运行 pseudoatom $NameOftheCenter, sele。
2. 测量距离：wizard->measurement
3. 隐藏伪原子：hide->everything

讨论

1. π-阳离子相互作用距离应小于 6.6 埃，π-π 相互作用通常用绿色表示。
2. π-π 相互作用距离应小于 7 埃【2】，π-π 相互作用通常用蓝色表示。

参考文献：

1. https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
2. Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.