使用 PLIP 分析蛋白质-配体相互作用

你可以用 PLIP 轻松识别生物大分子与其配体之间的非共价相互作用，而且有现成的 Web 服务器，无需任何部署就能使用。

可惜的是，Web 服务器一次只能提交一个结构。所以如果你有很多结构要分析，最好在本地跑。对我来说，用 Docker 跑既简单又够用。

https://github.com/pharmai/plip

这篇笔记基于 macOS，如果你在 Linux 上运行 PLIP，也可以参考一下。

详细步骤

1. 安装 Docker：

   1. macOS：从官网下载 Docker，和其他软件一样安装，装完后运行即可。

   2. Linux：

      如果你的服务器在中国，建议使用阿里云的镜像加速。安装命令如下：

      BASH複製

      curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun
      

      其他国家和地区可以直接使用官方脚本安装：

      BASH複製

      curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker
      

      如果 Docker 和 Docker-Compose 安装成功，可以用下面的命令查看版本：

      BASH複製

      docker -v
      docker compose version
      

2. 创建工作目录

   BASH複製

   mkdir -p $HOME/PLIP/pdb
   

3. 把需要分析的 PDB 文件放到 $HOME/PLIP/pdb。

4. 运行 FLIP

   BASH複製

   cd $HOME/PLIP/pdb
   
   docker run --rm \
       -v ${PWD}:/results \
       -w /results \
       -u $(id -u ${USER}):$(id -g ${USER}) \
       pharmai/plip:latest -f $HOME/pdb/* -xtyp
   

   参数说明：

   複製

   -f The same can be done for local PDB files (-f <file>) or for reading from stdin (-f -).
   -i PLIP can automatically fetch the entry from the PDB server when a valid PDB ID is provided.
   
   XML report files (-x, best for automatic processing)
   Text report files (-t, human-readable)
   PyMOL session files (-y)
   PyMOL Ray-traced images (-p)
   writing to stdout (-O), to be used in combination with XML or text report files