用 ModelAngelo 为 cryo-EM 图谱构建模型

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關鍵洞察

构建大型冷冻电镜图模型可能很麻烦，尤其是当它非常复杂时。但现在可以使用ModelAngelo在本地构建冷冻电镜图模型，而无需担心数据泄露。

确保满足ModelAngelo的计算要求，主要是至少8GB内存的GPU。
安装步骤：
1. 安装Miniconda。
2. 克隆仓库并运行脚本。
处理流程：
1. 启动前需在终端中运行conda activate model_angelo激活环境。
2. 使用FASTA序列构建图时，不需要在FASTA文件中重复二聚体的序列。
3. 无FASTA序列构建图时，如果结果不佳且链不连接，可能是图的方向错误，需翻转图并重新运行。

为一张巨大的 cryo-EM 图谱构建模型可能很让人头疼，尤其是当它特别复杂的时候。

但现在你可以用 ModelAngelo 在本地为 cryo-EM 图谱构建模型，不用担心数据泄露。

确认你已经满足 ModelAngelo 的计算要求：主要是至少 8GB 显存的 GPU。
安装
1. 安装 Miniconda：https://docs.anaconda.com/free/miniconda
2. 克隆仓库并运行脚本：
  BASH
  git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git cd model-angelo && source install_script.sh
流程：
1. 开始之前，你需要运行 conda activate model_angelo 来激活环境。
2. 使用 FASTA 序列构建模型：
  BASH
  model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output -v: map, in mrc format -pf: protein sequence -df: dna sequence -rf: rna sequence -o: output directory
  [!IMPORTANT]
  如果是二聚体，你不需要在 FASTA 文件中重复它的序列。
3. 不使用 FASTA 序列构建模型：
  BASH
  model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output

Note

如果结果看起来很糟糕，链与链之间没有连接，那很可能是图谱的手性反了，翻转图谱再运行一次即可。