在 Linux 上部署 X 射线数据处理软件

·(已編輯)· / · 閱讀

這篇文章上次修改於，可能部分內容已經不適用，如有疑問可詢問作者。

AI 翻譯English簡體中文

關鍵洞察

这份笔记基于Linux Mint 21.3，也适用于Ubuntu用户。涉及XDS相关软件，包括XDS包和其他程序如XDS-Viewer、XDSSTAT等，以及检查安装选项和HDF5文件的XDS插件。对于CCP4，用户需下载软件包管理器并按照设置管理器的指示操作，特别注意修改命令行环境。Phenix需要在其网站上申请许可证并下载软件后安装。autoPROC要求用户申请许可证，安装CCP4和XDS并设置环境，然后下载并安装软件。使用autoPX2需要加入QQ群获取更多信息，或使用提供的下载链接，然后通过命令autopx运行。

这篇笔记基于 Linux Mint 21.3，如果你用的是 Ubuntu，应该也同样适用。

XDS 相关软件

参考：https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Installation

XDS 软件包：

BASH

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate
# For some reason, wget cannot verify the server's SSL Certificates, add the --no-check-certificate parameter to igonre it

tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/
ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

其他程序：XDS-Viewer、XDSSTAT、XDSCC12、XDSGUI、XSCALE_ISOCLUSTER、spot2pdb、generate_XDS.INP

BASH

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_
wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh
chmod +x get_folder.sh
sudo ./get_folder.sh
rm -rf $HOME/xds-dep

#As root, programs will be installed into /usr/local/bin/linux_bin, and links them to /usr/local/bin.
#As a normal user, programs will be installed to HOME/bin/linux_bin, and linked to your $HOME/bin.

sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

可选：检查安装（你可能会遇到图形库相关的报错）：

CodeBlock Loading...

可读取 hdf5 文件的 XDS 插件：

CodeBlock Loading...

CCP4

参考：https://www.ccp4.ac.uk/download/installation.html

在此网站下载 Package Manager，然后：

BASH

cd /path/to/download/folder
tar -xvzf linux-x86_64_ccp4-8.0-setup.tar.gz
./ccp4-8.0-setup

按照 Setup Manager 各页面中的说明操作，并记得在第 2 页勾选“modify command line environment”。

Phenix

参考：https://phenix-online.org/documentation/install-setup-run.html

在此网站申请许可证。
在此网站下载软件。
安装
CodeBlock Loading...
然后就可以用 phenix & 命令运行 phenix。

autoPROC

参考：https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/Ubuntu1804_64bit/index.html

在此网站申请许可证，用于下载的用户名和密码以及一个 .licence 文件会发送到你的邮箱。
按上文安装好 CCP4 和 XDS，并配置好环境。
前置条件：
BASH
```
sudo apt-get install imagemagick
```
下载
CodeBlock Loading...
安装
CodeBlock Loading...

autoPX2

你需要加入 QQ 群获取更多信息，为了方便，我提供一份可供下载的副本：
CodeBlock Loading...
然后就可以使用 autopx 命令来运行 autoPX2。

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate # For some reason, wget cannot verify the server's SSL Certificates, add the --no-check-certificate parameter to igonre it tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/ ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_ wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh chmod +x get_folder.sh sudo ./get_folder.sh rm -rf $HOME/xds-dep #As root, programs will be installed into /usr/local/bin/linux_bin, and links them to /usr/local/bin. #As a normal user, programs will be installed to HOME/bin/linux_bin, and linked to your $HOME/bin. sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

ldd `which xdsgui` | grep found # The command should show you the libraries it didn't find. # Then you can install the libraries with commands: sudo apt update sudo apt upgrade sudo apt install -y <PackageName>

sudo apt update sudo apt install -y build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev cmake git libgtk-3-dev qt5-default git clone https://github.com/dectris/neggia && cd neggia mkdir build && cd $_ cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release cmake --build . sudo cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /usr/local/bin/linux_bin echo export NEGGIA_PATH=/usr/local/bin/linux_bin/dectris-neggia.so >> $HOME/.bashrc source $HOME/.bashrc

tar xvf phenix-installer-<version>-<platform>.tar cd phenix-installer-<version> # will make <directory>/phenix-<version> and install there ./install --prefix=<directory> echo . /usr/local/phenix-<version>/phenix_env.sh >> $HOME/.bashrc source $HOME/.bashrc

mkdir -p $HOME/GPhL/autoPROC_snapshot_20240123 && cd$_ wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123.linux64.tar # Put .license file into this directory # There should be three files in this directory: .tar, .sh, .licence

chmod +x GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh ./GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh cd $HOME/GPhL rm -f autoPROC_latest ln -s autoPROC_snapshot_20240123 autoPROC_latest echo source $HOME/GPhL/autoPROC_latest/setup.sh >> $HOME/.bashrc source $HOME/.bashrc

cd $HOME wget https://pan.xxu.do/d/guest/local/autoPX2-beta3-Linux.tar.gz tar -xzvf autoPX2-beta3-Linux.tar.gz && cd $HOME/autoPX2-beta3-Linux echo export PATH=$HOME/autoPX2-beta3-Linux:$PATH >> $HOME/.bashrc source $HOME/.bashrc # You can choose the name of command to start the program, here is autopx ln -s autoPXgui.sh autopx