X 射线数据处理

准备数据

将 h5 格式转换为 cbf 格式：XDS 无法处理 h5 格式的图像，因此处理前需要先将图像转换为 cbf 格式。在 macOS 上，eiger2cbf 是一个好用的转换程序。

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- get number of frames
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- write N-th frame to out.cbf
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- write N-th frame to STDOUT
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- write N to M-th frames to outNNNNNN.cbf

例如：

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # convert all the 720 images to cbf format

X 射线数据处理

使用 XDS 处理

1. 根据这份安装说明安装 XDSGUI。

2. 在终端中运行 XDSGUI。

   BASH複製

   cd path/to/your/images
   xdsgui
   

3. 载入图像并生成 XDS.INP 文件：

   

4. 按需修改 XDS.INP 文件，然后点击 Run XDS。

   :::caution

   如果数据是在上海光源（SSRF）的 10U2 线站收集的，需要将 ROTATION_AXIS 参数修改为 0 -1 0。

   :::

5. 在 CORRECT 页面查看结果。

使用 Xia2 处理

1. Xia2 有两种使用方式：在 CCP4 中使用 Xia2，或根据此网站安装最新的 xia2/DIALS 套件。

2. 使用它处理数据：

   BASH複製

   cd path/to/images
   xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2
   

使用 autoPROC 处理

1. 根据此网站申请许可证并安装 autoPROC。

2. 使用它处理数据：

   BASH複製

   cd path/to/images
   process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log 
   #save the result in subdirectory named autoproc, resolution vary from 2 to 50, save the log to out.log file.
   

结构解析

验证数据

1. 在 autoproc 目录中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作为衍射文件。

2. 使用 Phenix Xtriage 验证数据：导入衍射文件后运行。

   

分子置换

1. 在 autoproc 目录中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作为衍射文件。

2. 获取模板模型：

   1. 将蛋白质序列与 PDB 数据库进行 BLAST 比对，选择合适的结构并下载 PDB 文件。

   

   2. 下载模板模型后，需要用 PyMOL 去除多余的拷贝和水分子。

3. 确定不对称单元（ASU）中的拷贝数：

   1. 可以从 Xtriage 的结果中获得拷贝数

   2. 或者使用 CCP4 中的晶胞内容分析工具。

   Note

   可以通过溶剂含量确定拷贝数，通常大多数生物大分子晶体的溶剂含量在 40% 到 60% 之间。

4. 使用 Phenix Phaser-MR 进行分子置换。

5. 使用 Phenix AutoBuild 构建模型：输入分子置换的结果，然后运行。

   

6. 在 Coot 中检查 AutoBuild 生成的模型，并手动精修。