Note
这篇方法说明大概是一年前写的,发布出来仅作备忘。
简介
Xia2 是一个用于自动还原大分子晶体 X 射线衍射数据的专家系统。它是开源的,你可以在这里获取源代码。
在我的工作流程中,Xia2 用起来比 XDS 容易得多。不过,Xia2 只能通过命令行运行,而 XDS 则有图形界面:XDSGUI。
用法
你可以切换到存放衍射图像的目录,然后运行以下命令:
BASH
xia2 pipeline=dials .
注意,Xia2 可以使用多种 pipeline 来处理数据,例如 dials、dials-aimless、XDS 和 XSCALE。你可以在这里找到很多参数。如果你在 SSRF 10U2 收集数据,可能还需要通过添加 goniometer.axes=0,1,0 来调整测角仪轴。
BASH
xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=1.89
[!NOTE]
上面链接中列出的参数看起来并不完整,我也找不到完整的参数列表。不过,你可以参考运行 Xia2 时所在目录下的 Phil 格式文件。
检查结果
运行目录下会生成一个 xia2.html 文件,其中包含结果摘要。